巴南区现有林地面积135万亩，森林覆盖率47.6%，是主城重要的“肺叶”，也是长江上游重要的生态屏障。全国森林资源二类调查结果显示，巴南区植物资源丰富，全区境内分布有树种73科227种。其中珍贵稀有树种有红豆树、银杏、穗花杉、红豆杉、桢楠、大叶黄荆等。优势树种有松科（7种）、杉科（4种）、柏科（9种）、樟科（11种）、豆科（9种）、禾本科（15种）等，全区森林中优势树种有松、杉、柏，竹类等，尤以马尾松分布最广，现有48郾4万亩，占主城全部松林面积的40%。森林主要分布于铜锣山、明月山、桃子荡、鲜家坪四大山脉和云篆山、圣灯山、樵坪山、石滩天台山、安澜龙岗、石龙长岭六大林区。
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